La mayor diferencia entre los tipos de archivos de nube de puntos es el uso de ASCII y binario. El ASCII (Código Estándar Americano para el Intercambio de Información) está basado en binario (como lo están todos los lenguajes de cómputo) pero transmite información usando texto. El ASCII estándar representa cada carácter como un número binario de 7 bits. Los tipos de archivos ASCII de nube de puntos comunes son XYZ, OBJ (con algunas excepciones binarias patentadas), PTX (Leica) y ASC.
Los sistemas binarios almacenan datos directamente en código binario. Los formatos binarios de nube de puntos comunes incluyen FLS (Faro), PCD y LAS. Varios otros tipos de archivos utilizados regularmente son capaces de formatos ASCII y binarios. Estos incluyen PLY, FBX. E57 almacena datos en binario y ASCII, reuniendo muchos de los beneficios de ambos en un solo tipo de archivo.
Cada línea de texto dentro de un archivo ASCII representa un registro de retorno del láser como coordenadas espaciales (x, y, z). Se puede incluir información adicional como el color y la intensidad en algunos formatos. El principal beneficio de los archivos ASCII es un grado de universalidad en accesibilidad proporcionado por la abstracción de texto estandarizada utilizada para transmitir los datos. Los archivos ASCII, por ejemplo, se pueden abrir en editores de texto. Esta es una razón por la que se recomiendan los tipos de archivo ASCII para el archivado a largo plazo.
Sin embargo, la utilidad diaria de este tipo de acceso es mínima, y el uso de texto para transmitir datos conlleva costos. Los archivos son más grandes, contienen menos metadatos y deben leerse línea por línea , lo que disminuye las velocidades de lectura. Los formatos de archivo binario son más compactos y pueden transportar más información. Es posible incluir firmas de archivos, información de software y metadatos dentro de cada coordenada. También lleva menos tiempo procesar y visualizar archivos binarios porque pueden indexarse espacialmente, lo que les permite leerse en partes en lugar de secuencialmente. Sin embargo, existen mayores restricciones sobre cómo se puede acceder a los archivos binarios.